Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
VPS29Q9UBQ0 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC20.03■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.03■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
VPS29Q9UBQ0 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.1 ms