Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXE4

SMPD4, Sphingomyelin phosphodiesterase 4, humanhuman

Predictions only

Length 827 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMPD4Q9NXE4 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC21.8■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC21.8■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SMPD4Q9NXE4 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SMPD4Q9NXE4 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.5 ms