Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 AC007040.2-201ENST00000606025 4170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 NOMO2-201ENST00000330537 4352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 RIMBP3C-201ENST00000331505 5475 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 NRP2-206ENST00000417189 2386 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 SSC5D-201ENST00000389623 4845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 CADPS2-202ENST00000334010 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 LYSMD4-210ENST00000545021 2431 ntTSL 4 BASIC16.57■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 RIOX2-201ENST00000333396 5347 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 SOX2-201ENST00000325404 2513 ntAPPRIS P1 BASIC16.57■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 PIF1-202ENST00000333425 2278 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 YIPF2-201ENST00000253031 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 CYP21A1P-201ENST00000342991 1971 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 MAPK8IP1-201ENST00000241014 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC16.56■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 ZNF707-202ENST00000418203 2661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 TMEM131-201ENST00000186436 6640 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC16.56■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC16.56■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC16.56■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 AL445183.2-201ENST00000439621 1871 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 NOP56-201ENST00000329276 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 AL020996.1-203ENST00000536896 2307 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 TMPRSS5-212ENST00000545579 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 EIF4E3-201ENST00000295612 2764 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 FOXC1-201ENST00000380874 3926 ntAPPRIS P1 BASIC16.55■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 SEPT11-201ENST00000264893 5593 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 SCUBE1-201ENST00000290460 2258 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 PYCR3-207ENST00000495276 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 FAM53A-202ENST00000461064 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 KCTD20-210ENST00000536244 5345 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 TAF15-215ENST00000605844 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 ME2-218ENST00000640965 2476 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
RPUSD4Q96CM3 C19orf66-201ENST00000253110 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.2 ms