Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

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Length 1,073 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC20.3■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC20.3■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC20.3■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC20.29■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC20.29■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC20.28■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
USP53Q70EK8 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
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