Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 RNASET2-214ENST00000620173 1391 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 AC010531.6-201ENST00000602282 401 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 TPPP3-204ENST00000562206 1410 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 DUSP15-205ENST00000398084 1256 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 JPT2-204ENST00000561516 1065 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC22.62■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC22.61■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 GXYLT1P3-201ENST00000453058 1193 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 AC010331.1-201ENST00000611423 582 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 GSTM4-201ENST00000326729 1321 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 MIR1224-201ENST00000408193 85 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 REST-211ENST00000640168 1268 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 PIGH-201ENST00000216452 1420 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL4A4P53420 MDFI-202ENST00000373050 809 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
COL4A4P53420 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
COL4A4P53420 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
COL4A4P53420 AL807752.2-201ENST00000435463 301 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.2
COL4A4P53420 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
COL4A4P53420 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC22.58■■□□□ 1.2
COL4A4P53420 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC22.58■■□□□ 1.2
COL4A4P53420 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
COL4A4P53420 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.2
COL4A4P53420 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
COL4A4P53420 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
COL4A4P53420 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.1 ms