Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD3P31249 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 FUT4-201ENST00000358752 6059 ntAPPRIS P1 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 CACNA1A-246ENST00000637736 8340 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 FGFR1-214ENST00000447712 5900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 QKI-205ENST00000392127 7911 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXD3P31249 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.2 ms