Protein–RNA interactions for Protein: Q9BWF2

TRAIP, E3 ubiquitin-protein ligase TRAIP, humanhuman

Predictions only

Length 469 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRAIPQ9BWF2 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
TRAIPQ9BWF2 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
TRAIPQ9BWF2 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
TRAIPQ9BWF2 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
TRAIPQ9BWF2 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
TRAIPQ9BWF2 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
TRAIPQ9BWF2 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
TRAIPQ9BWF2 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC29.29■■■□□ 2.28
TRAIPQ9BWF2 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC29.29■■■□□ 2.28
TRAIPQ9BWF2 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
TRAIPQ9BWF2 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC29.28■■■□□ 2.28
TRAIPQ9BWF2 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
TRAIPQ9BWF2 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
TRAIPQ9BWF2 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC29.27■■■□□ 2.28
TRAIPQ9BWF2 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC29.26■■■□□ 2.27
TRAIPQ9BWF2 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC29.26■■■□□ 2.27
TRAIPQ9BWF2 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC29.25■■■□□ 2.27
TRAIPQ9BWF2 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC29.25■■■□□ 2.27
TRAIPQ9BWF2 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
TRAIPQ9BWF2 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
TRAIPQ9BWF2 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC29.24■■■□□ 2.27
TRAIPQ9BWF2 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC29.24■■■□□ 2.27
TRAIPQ9BWF2 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
TRAIPQ9BWF2 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
TRAIPQ9BWF2 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC29.23■■■□□ 2.27
TRAIPQ9BWF2 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
TRAIPQ9BWF2 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC29.2■■■□□ 2.26
TRAIPQ9BWF2 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
TRAIPQ9BWF2 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
TRAIPQ9BWF2 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC29.18■■■□□ 2.26
TRAIPQ9BWF2 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
TRAIPQ9BWF2 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.18■■■□□ 2.26
TRAIPQ9BWF2 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC29.18■■■□□ 2.26
TRAIPQ9BWF2 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.17■■■□□ 2.26
TRAIPQ9BWF2 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC29.17■■■□□ 2.26
TRAIPQ9BWF2 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
TRAIPQ9BWF2 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC29.16■■■□□ 2.26
TRAIPQ9BWF2 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
TRAIPQ9BWF2 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
TRAIPQ9BWF2 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
TRAIPQ9BWF2 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
TRAIPQ9BWF2 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC29.14■■■□□ 2.26
TRAIPQ9BWF2 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC29.14■■■□□ 2.26
TRAIPQ9BWF2 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC29.14■■■□□ 2.26
TRAIPQ9BWF2 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC29.14■■■□□ 2.26
TRAIPQ9BWF2 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC29.13■■■□□ 2.25
TRAIPQ9BWF2 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC29.13■■■□□ 2.25
TRAIPQ9BWF2 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC29.13■■■□□ 2.25
TRAIPQ9BWF2 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
TRAIPQ9BWF2 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
TRAIPQ9BWF2 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
TRAIPQ9BWF2 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
TRAIPQ9BWF2 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC29.09■■■□□ 2.25
TRAIPQ9BWF2 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
TRAIPQ9BWF2 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
TRAIPQ9BWF2 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
TRAIPQ9BWF2 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC29.08■■■□□ 2.25
TRAIPQ9BWF2 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
TRAIPQ9BWF2 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.08■■■□□ 2.25
TRAIPQ9BWF2 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
TRAIPQ9BWF2 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
TRAIPQ9BWF2 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
TRAIPQ9BWF2 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
TRAIPQ9BWF2 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.07■■■□□ 2.24
TRAIPQ9BWF2 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
TRAIPQ9BWF2 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
TRAIPQ9BWF2 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC29.06■■■□□ 2.24
TRAIPQ9BWF2 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC29.05■■■□□ 2.24
TRAIPQ9BWF2 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC29.05■■■□□ 2.24
TRAIPQ9BWF2 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
TRAIPQ9BWF2 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
TRAIPQ9BWF2 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.04■■■□□ 2.24
TRAIPQ9BWF2 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
TRAIPQ9BWF2 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
TRAIPQ9BWF2 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
TRAIPQ9BWF2 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
TRAIPQ9BWF2 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
TRAIPQ9BWF2 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
TRAIPQ9BWF2 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
TRAIPQ9BWF2 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
TRAIPQ9BWF2 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
TRAIPQ9BWF2 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
TRAIPQ9BWF2 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
TRAIPQ9BWF2 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
TRAIPQ9BWF2 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
TRAIPQ9BWF2 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
TRAIPQ9BWF2 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
TRAIPQ9BWF2 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
TRAIPQ9BWF2 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
TRAIPQ9BWF2 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
TRAIPQ9BWF2 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
TRAIPQ9BWF2 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
TRAIPQ9BWF2 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC28.94■■■□□ 2.22
TRAIPQ9BWF2 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
TRAIPQ9BWF2 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.94■■■□□ 2.22
TRAIPQ9BWF2 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC28.93■■■□□ 2.22
TRAIPQ9BWF2 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
TRAIPQ9BWF2 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
TRAIPQ9BWF2 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC28.91■■■□□ 2.22
TRAIPQ9BWF2 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.6 ms