Protein–RNA interactions for Protein: Q9BUN5

CCDC28B, Coiled-coil domain-containing protein 28B, humanhuman

Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28BQ9BUN5 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC28BQ9BUN5 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC28BQ9BUN5 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC28BQ9BUN5 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC28BQ9BUN5 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
CCDC28BQ9BUN5 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
CCDC28BQ9BUN5 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
CCDC28BQ9BUN5 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
CCDC28BQ9BUN5 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.73
CCDC28BQ9BUN5 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CCDC28BQ9BUN5 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CCDC28BQ9BUN5 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CCDC28BQ9BUN5 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CCDC28BQ9BUN5 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CCDC28BQ9BUN5 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
CCDC28BQ9BUN5 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC28BQ9BUN5 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC28BQ9BUN5 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CCDC28BQ9BUN5 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CCDC28BQ9BUN5 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC28BQ9BUN5 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC28BQ9BUN5 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC28BQ9BUN5 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC28BQ9BUN5 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC28BQ9BUN5 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CCDC28BQ9BUN5 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CCDC28BQ9BUN5 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
CCDC28BQ9BUN5 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC28BQ9BUN5 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC28BQ9BUN5 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC28BQ9BUN5 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC28BQ9BUN5 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC28BQ9BUN5 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC28BQ9BUN5 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC28BQ9BUN5 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC28BQ9BUN5 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC28BQ9BUN5 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC28BQ9BUN5 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC28BQ9BUN5 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CCDC28BQ9BUN5 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC28BQ9BUN5 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC28BQ9BUN5 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC28BQ9BUN5 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CCDC28BQ9BUN5 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC28BQ9BUN5 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC28BQ9BUN5 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC28BQ9BUN5 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CCDC28BQ9BUN5 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC28BQ9BUN5 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC28BQ9BUN5 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC28BQ9BUN5 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC28BQ9BUN5 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CCDC28BQ9BUN5 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC28BQ9BUN5 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC28BQ9BUN5 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC28BQ9BUN5 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC28BQ9BUN5 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC28BQ9BUN5 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CCDC28BQ9BUN5 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
CCDC28BQ9BUN5 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
CCDC28BQ9BUN5 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
CCDC28BQ9BUN5 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC28BQ9BUN5 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC28BQ9BUN5 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC28BQ9BUN5 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC28BQ9BUN5 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC28BQ9BUN5 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC28BQ9BUN5 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC28BQ9BUN5 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC28BQ9BUN5 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC28BQ9BUN5 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC28BQ9BUN5 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC28BQ9BUN5 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC28BQ9BUN5 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC28BQ9BUN5 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC28BQ9BUN5 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
CCDC28BQ9BUN5 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC28BQ9BUN5 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC28BQ9BUN5 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC28BQ9BUN5 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC28BQ9BUN5 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC28BQ9BUN5 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC28BQ9BUN5 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC28BQ9BUN5 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC28BQ9BUN5 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC28BQ9BUN5 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC28BQ9BUN5 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC28BQ9BUN5 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC28BQ9BUN5 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC28BQ9BUN5 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC28BQ9BUN5 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC28BQ9BUN5 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC28BQ9BUN5 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC28BQ9BUN5 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC28BQ9BUN5 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC28BQ9BUN5 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC28BQ9BUN5 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC28BQ9BUN5 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC28BQ9BUN5 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC28BQ9BUN5 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 228 ms