Protein–RNA interactions for Protein: Q3LFD5

USP41, Putative ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 41, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP41Q3LFD5 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.18
USP41Q3LFD5 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
USP41Q3LFD5 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
USP41Q3LFD5 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
USP41Q3LFD5 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
USP41Q3LFD5 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC28.65■■■□□ 2.18
USP41Q3LFD5 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
USP41Q3LFD5 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
USP41Q3LFD5 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC28.64■■■□□ 2.18
USP41Q3LFD5 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
USP41Q3LFD5 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
USP41Q3LFD5 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
USP41Q3LFD5 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
USP41Q3LFD5 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC28.63■■■□□ 2.17
USP41Q3LFD5 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
USP41Q3LFD5 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
USP41Q3LFD5 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
USP41Q3LFD5 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
USP41Q3LFD5 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
USP41Q3LFD5 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
USP41Q3LFD5 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
USP41Q3LFD5 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
USP41Q3LFD5 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
USP41Q3LFD5 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
USP41Q3LFD5 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC28.58■■■□□ 2.17
USP41Q3LFD5 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
USP41Q3LFD5 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
USP41Q3LFD5 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC28.57■■■□□ 2.16
USP41Q3LFD5 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
USP41Q3LFD5 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
USP41Q3LFD5 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
USP41Q3LFD5 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
USP41Q3LFD5 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
USP41Q3LFD5 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.53■■■□□ 2.16
USP41Q3LFD5 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
USP41Q3LFD5 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC28.53■■■□□ 2.16
USP41Q3LFD5 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC28.53■■■□□ 2.16
USP41Q3LFD5 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
USP41Q3LFD5 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
USP41Q3LFD5 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
USP41Q3LFD5 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
USP41Q3LFD5 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
USP41Q3LFD5 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
USP41Q3LFD5 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
USP41Q3LFD5 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
USP41Q3LFD5 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
USP41Q3LFD5 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
USP41Q3LFD5 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
USP41Q3LFD5 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
USP41Q3LFD5 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
USP41Q3LFD5 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC28.49■■■□□ 2.15
USP41Q3LFD5 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
USP41Q3LFD5 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
USP41Q3LFD5 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
USP41Q3LFD5 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
USP41Q3LFD5 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
USP41Q3LFD5 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
USP41Q3LFD5 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
USP41Q3LFD5 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC28.42■■■□□ 2.14
USP41Q3LFD5 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
USP41Q3LFD5 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
USP41Q3LFD5 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
USP41Q3LFD5 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
USP41Q3LFD5 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
USP41Q3LFD5 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
USP41Q3LFD5 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
USP41Q3LFD5 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC28.38■■■□□ 2.13
USP41Q3LFD5 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
USP41Q3LFD5 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
USP41Q3LFD5 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.37■■■□□ 2.13
USP41Q3LFD5 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
USP41Q3LFD5 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
USP41Q3LFD5 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
USP41Q3LFD5 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
USP41Q3LFD5 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
USP41Q3LFD5 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
USP41Q3LFD5 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
USP41Q3LFD5 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
USP41Q3LFD5 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
USP41Q3LFD5 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
USP41Q3LFD5 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
USP41Q3LFD5 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
USP41Q3LFD5 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
USP41Q3LFD5 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
USP41Q3LFD5 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC28.29■■■□□ 2.12
USP41Q3LFD5 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
USP41Q3LFD5 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
USP41Q3LFD5 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
USP41Q3LFD5 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
USP41Q3LFD5 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
USP41Q3LFD5 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
USP41Q3LFD5 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
USP41Q3LFD5 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC28.27■■■□□ 2.12
USP41Q3LFD5 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
USP41Q3LFD5 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
USP41Q3LFD5 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
USP41Q3LFD5 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC28.25■■■□□ 2.11
USP41Q3LFD5 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC28.25■■■□□ 2.11
USP41Q3LFD5 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
USP41Q3LFD5 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.2 ms