Protein–RNA interactions for Protein: P52701

MSH6, DNA mismatch repair protein Msh6, humanhuman

Predictions only

Length 1,360 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH6P52701 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.17■■■■□ 3.7
MSH6P52701 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.16■■■■□ 3.7
MSH6P52701 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.16■■■■□ 3.7
MSH6P52701 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC38.16■■■■□ 3.7
MSH6P52701 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC38.16■■■■□ 3.7
MSH6P52701 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC38.14■■■■□ 3.7
MSH6P52701 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.13■■■■□ 3.69
MSH6P52701 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.12■■■■□ 3.69
MSH6P52701 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC38.12■■■■□ 3.69
MSH6P52701 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.11■■■■□ 3.69
MSH6P52701 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC38.11■■■■□ 3.69
MSH6P52701 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.1■■■■□ 3.69
MSH6P52701 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.07■■■■□ 3.69
MSH6P52701 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.07■■■■□ 3.69
MSH6P52701 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC38.06■■■■□ 3.68
MSH6P52701 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC38.06■■■■□ 3.68
MSH6P52701 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC38.06■■■■□ 3.68
MSH6P52701 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC38.05■■■■□ 3.68
MSH6P52701 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.04■■■■□ 3.68
MSH6P52701 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.04■■■■□ 3.68
MSH6P52701 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC38.04■■■■□ 3.68
MSH6P52701 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC38.04■■■■□ 3.68
MSH6P52701 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC38.02■■■■□ 3.68
MSH6P52701 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC38.01■■■■□ 3.68
MSH6P52701 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC37.99■■■■□ 3.67
MSH6P52701 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.99■■■■□ 3.67
MSH6P52701 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC37.99■■■■□ 3.67
MSH6P52701 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.99■■■■□ 3.67
MSH6P52701 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC37.97■■■■□ 3.67
MSH6P52701 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC37.96■■■■□ 3.67
MSH6P52701 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.94■■■■□ 3.66
MSH6P52701 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC37.94■■■■□ 3.66
MSH6P52701 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC37.94■■■■□ 3.66
MSH6P52701 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC37.94■■■■□ 3.66
MSH6P52701 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.93■■■■□ 3.66
MSH6P52701 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC37.93■■■■□ 3.66
MSH6P52701 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC37.93■■■■□ 3.66
MSH6P52701 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.92■■■■□ 3.66
MSH6P52701 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.89■■■■□ 3.66
MSH6P52701 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC37.89■■■■□ 3.66
MSH6P52701 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.88■■■■□ 3.65
MSH6P52701 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.86■■■■□ 3.65
MSH6P52701 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC37.86■■■■□ 3.65
MSH6P52701 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC37.86■■■■□ 3.65
MSH6P52701 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC37.85■■■■□ 3.65
MSH6P52701 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC37.85■■■■□ 3.65
MSH6P52701 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC37.83■■■■□ 3.65
MSH6P52701 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.82■■■■□ 3.64
MSH6P52701 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.8■■■■□ 3.64
MSH6P52701 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC37.8■■■■□ 3.64
MSH6P52701 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.8■■■■□ 3.64
MSH6P52701 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC37.8■■■■□ 3.64
MSH6P52701 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC37.8■■■■□ 3.64
MSH6P52701 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC37.8■■■■□ 3.64
MSH6P52701 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC37.8■■■■□ 3.64
MSH6P52701 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC37.8■■■■□ 3.64
MSH6P52701 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC37.8■■■■□ 3.64
MSH6P52701 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC37.8■■■■□ 3.64
MSH6P52701 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC37.8■■■■□ 3.64
MSH6P52701 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC37.8■■■■□ 3.64
MSH6P52701 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.78■■■■□ 3.64
MSH6P52701 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC37.77■■■■□ 3.64
MSH6P52701 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC37.77■■■■□ 3.64
MSH6P52701 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.77■■■■□ 3.64
MSH6P52701 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.77■■■■□ 3.64
MSH6P52701 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.76■■■■□ 3.64
MSH6P52701 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.76■■■■□ 3.64
MSH6P52701 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC37.76■■■■□ 3.64
MSH6P52701 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC37.76■■■■□ 3.64
MSH6P52701 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC37.75■■■■□ 3.63
MSH6P52701 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC37.75■■■■□ 3.63
MSH6P52701 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC37.74■■■■□ 3.63
MSH6P52701 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.74■■■■□ 3.63
MSH6P52701 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC37.74■■■■□ 3.63
MSH6P52701 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC37.74■■■■□ 3.63
MSH6P52701 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC37.72■■■■□ 3.63
MSH6P52701 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.71■■■■□ 3.63
MSH6P52701 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.71■■■■□ 3.63
MSH6P52701 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.7■■■■□ 3.63
MSH6P52701 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.7■■■■□ 3.63
MSH6P52701 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC37.69■■■■□ 3.62
MSH6P52701 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.69■■■■□ 3.62
MSH6P52701 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC37.68■■■■□ 3.62
MSH6P52701 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC37.68■■■■□ 3.62
MSH6P52701 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC37.68■■■■□ 3.62
MSH6P52701 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.67■■■■□ 3.62
MSH6P52701 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC37.66■■■■□ 3.62
MSH6P52701 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC37.66■■■■□ 3.62
MSH6P52701 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC37.66■■■■□ 3.62
MSH6P52701 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC37.66■■■■□ 3.62
MSH6P52701 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC37.66■■■■□ 3.62
MSH6P52701 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.66■■■■□ 3.62
MSH6P52701 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.66■■■■□ 3.62
MSH6P52701 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.66■■■■□ 3.62
MSH6P52701 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.65■■■■□ 3.62
MSH6P52701 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC37.65■■■■□ 3.62
MSH6P52701 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC37.64■■■■□ 3.62
MSH6P52701 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC37.63■■■■□ 3.61
MSH6P52701 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.62■■■■□ 3.61
MSH6P52701 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC37.62■■■■□ 3.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.1 ms