Protein–RNA interactions for Protein: A6NMZ7

COL6A6, Collagen alpha-6(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,263 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A6A6NMZ7 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL6A6A6NMZ7 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL6A6A6NMZ7 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL6A6A6NMZ7 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL6A6A6NMZ7 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL6A6A6NMZ7 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.56
COL6A6A6NMZ7 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
COL6A6A6NMZ7 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL6A6A6NMZ7 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL6A6A6NMZ7 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL6A6A6NMZ7 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL6A6A6NMZ7 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
COL6A6A6NMZ7 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
COL6A6A6NMZ7 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL6A6A6NMZ7 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL6A6A6NMZ7 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
COL6A6A6NMZ7 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
COL6A6A6NMZ7 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
COL6A6A6NMZ7 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL6A6A6NMZ7 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL6A6A6NMZ7 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL6A6A6NMZ7 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL6A6A6NMZ7 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL6A6A6NMZ7 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
COL6A6A6NMZ7 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL6A6A6NMZ7 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
COL6A6A6NMZ7 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL6A6A6NMZ7 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL6A6A6NMZ7 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL6A6A6NMZ7 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL6A6A6NMZ7 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL6A6A6NMZ7 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL6A6A6NMZ7 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL6A6A6NMZ7 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
COL6A6A6NMZ7 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
COL6A6A6NMZ7 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
COL6A6A6NMZ7 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
COL6A6A6NMZ7 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
COL6A6A6NMZ7 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
COL6A6A6NMZ7 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
COL6A6A6NMZ7 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
COL6A6A6NMZ7 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
COL6A6A6NMZ7 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
COL6A6A6NMZ7 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
COL6A6A6NMZ7 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
COL6A6A6NMZ7 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
COL6A6A6NMZ7 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL6A6A6NMZ7 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
COL6A6A6NMZ7 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
COL6A6A6NMZ7 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL6A6A6NMZ7 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL6A6A6NMZ7 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL6A6A6NMZ7 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL6A6A6NMZ7 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL6A6A6NMZ7 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL6A6A6NMZ7 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.53
COL6A6A6NMZ7 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.53
COL6A6A6NMZ7 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
COL6A6A6NMZ7 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL6A6A6NMZ7 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
COL6A6A6NMZ7 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL6A6A6NMZ7 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL6A6A6NMZ7 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL6A6A6NMZ7 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL6A6A6NMZ7 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL6A6A6NMZ7 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
COL6A6A6NMZ7 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL6A6A6NMZ7 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
COL6A6A6NMZ7 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL6A6A6NMZ7 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL6A6A6NMZ7 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL6A6A6NMZ7 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL6A6A6NMZ7 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL6A6A6NMZ7 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL6A6A6NMZ7 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL6A6A6NMZ7 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
COL6A6A6NMZ7 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL6A6A6NMZ7 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL6A6A6NMZ7 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL6A6A6NMZ7 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL6A6A6NMZ7 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL6A6A6NMZ7 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL6A6A6NMZ7 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL6A6A6NMZ7 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL6A6A6NMZ7 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL6A6A6NMZ7 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL6A6A6NMZ7 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL6A6A6NMZ7 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL6A6A6NMZ7 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL6A6A6NMZ7 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL6A6A6NMZ7 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL6A6A6NMZ7 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL6A6A6NMZ7 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
COL6A6A6NMZ7 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL6A6A6NMZ7 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL6A6A6NMZ7 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL6A6A6NMZ7 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
COL6A6A6NMZ7 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL6A6A6NMZ7 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL6A6A6NMZ7 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.6 ms