Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 SLC29A4P2-201ENST00000504749 1089 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 ISG20-210ENST00000560741 800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.49■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 PAIP2-208ENST00000511706 468 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 TRAPPC3-204ENST00000373166 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 AGTRAP-203ENST00000376629 1100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.46■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC25.46■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
ZNF541Q9H0D2 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 MTFP1-202ENST00000355143 891 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 TSPY7P-201ENST00000431358 1114 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 TSPY1-202ENST00000451548 1160 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 CMTM7-202ENST00000349718 1214 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 MRPL2-207ENST00000487429 905 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 LYPD1-201ENST00000345008 1033 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 RBCK1-213ENST00000475269 1200 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
ZNF541Q9H0D2 C17orf62-230ENST00000583617 866 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.8 ms