Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC26.87■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC26.87■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC26.86■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC26.85■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC26.85■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC26.84■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC26.84■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC26.84■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC26.83■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
CHMP4AQ9BY43 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC26.82■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC26.81■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CHMP4AQ9BY43 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.5 ms