Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 SPPL2B-212ENST00000618220 2459 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 NYAP1-202ENST00000454988 2777 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP28Q96RU2 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC24■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC24■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.3 ms