Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
SKA1Q96BD8 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.8 ms