Protein–RNA interactions for Protein: Q70CQ1

USP49, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 49, humanhuman

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Length 688 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP49Q70CQ1 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC23.64■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
USP49Q70CQ1 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
USP49Q70CQ1 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.37
USP49Q70CQ1 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
USP49Q70CQ1 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
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