Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 COX6C-208ENST00000522940 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
USP39Q53GS9 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
USP39Q53GS9 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
USP39Q53GS9 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USP39Q53GS9 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
USP39Q53GS9 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
USP39Q53GS9 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USP39Q53GS9 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
USP39Q53GS9 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USP39Q53GS9 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
USP39Q53GS9 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
USP39Q53GS9 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USP39Q53GS9 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC21.32■■□□□ 1
USP39Q53GS9 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
USP39Q53GS9 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USP39Q53GS9 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USP39Q53GS9 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USP39Q53GS9 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
USP39Q53GS9 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USP39Q53GS9 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USP39Q53GS9 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
USP39Q53GS9 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
USP39Q53GS9 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
USP39Q53GS9 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USP39Q53GS9 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
USP39Q53GS9 PRORSD1P-201ENST00000295112 541 ntBASIC21.31■■□□□ 1
USP39Q53GS9 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USP39Q53GS9 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
USP39Q53GS9 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
USP39Q53GS9 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC21.31■■□□□ 1
USP39Q53GS9 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
USP39Q53GS9 PRORSD1P-203ENST00000579162 626 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
USP39Q53GS9 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
USP39Q53GS9 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC21.31■■□□□ 1
USP39Q53GS9 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
USP39Q53GS9 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USP39Q53GS9 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USP39Q53GS9 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USP39Q53GS9 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USP39Q53GS9 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USP39Q53GS9 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USP39Q53GS9 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
USP39Q53GS9 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USP39Q53GS9 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USP39Q53GS9 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USP39Q53GS9 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USP39Q53GS9 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USP39Q53GS9 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
USP39Q53GS9 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USP39Q53GS9 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
USP39Q53GS9 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USP39Q53GS9 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC21.3■■□□□ 1
USP39Q53GS9 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
USP39Q53GS9 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
USP39Q53GS9 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC21.3■■□□□ 1
USP39Q53GS9 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC21.3■■□□□ 1
USP39Q53GS9 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
USP39Q53GS9 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
USP39Q53GS9 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC21.3■■□□□ 1
USP39Q53GS9 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USP39Q53GS9 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USP39Q53GS9 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
USP39Q53GS9 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USP39Q53GS9 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USP39Q53GS9 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USP39Q53GS9 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC21.3■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.8 ms