Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 EP300-201ENST00000263253 9587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CHD3Q12873 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
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