Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
HOXA4Q00056 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
HOXA4Q00056 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
HOXA4Q00056 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.45
HOXA4Q00056 SPTBN4-201ENST00000338932 8686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.45
HOXA4Q00056 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC17.83■□□□□ 0.45
HOXA4Q00056 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
HOXA4Q00056 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC17.83■□□□□ 0.45
HOXA4Q00056 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
HOXA4Q00056 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 CACNA1A-218ENST00000635895 8657 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 CACNA1A-257ENST00000638009 8665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXA4Q00056 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.6 ms