Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC35.65■■■■□ 3.3
CUX1P39880 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC35.65■■■■□ 3.3
CUX1P39880 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.65■■■■□ 3.3
CUX1P39880 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC35.65■■■■□ 3.3
CUX1P39880 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.64■■■■□ 3.3
CUX1P39880 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC35.64■■■■□ 3.3
CUX1P39880 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC35.64■■■■□ 3.3
CUX1P39880 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.64■■■■□ 3.3
CUX1P39880 AL807752.2-201ENST00000435463 301 ntTSL 3 BASIC35.64■■■■□ 3.3
CUX1P39880 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC35.64■■■■□ 3.3
CUX1P39880 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.64■■■■□ 3.3
CUX1P39880 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.64■■■■□ 3.3
CUX1P39880 RNASET2-214ENST00000620173 1391 ntTSL 5 BASIC35.64■■■■□ 3.3
CUX1P39880 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.64■■■■□ 3.3
CUX1P39880 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC35.64■■■■□ 3.3
CUX1P39880 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.63■■■■□ 3.29
CUX1P39880 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.63■■■■□ 3.29
CUX1P39880 ZDHHC12-202ENST00000372667 1187 ntTSL 5 BASIC35.63■■■■□ 3.29
CUX1P39880 DUSP15-205ENST00000398084 1256 ntTSL 5 BASIC35.63■■■■□ 3.29
CUX1P39880 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC35.63■■■■□ 3.29
CUX1P39880 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC35.63■■■■□ 3.29
CUX1P39880 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC35.63■■■■□ 3.29
CUX1P39880 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC35.62■■■■□ 3.29
CUX1P39880 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC35.62■■■■□ 3.29
CUX1P39880 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC35.62■■■■□ 3.29
CUX1P39880 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC35.62■■■■□ 3.29
CUX1P39880 SLC29A4P2-201ENST00000504749 1089 ntBASIC35.62■■■■□ 3.29
CUX1P39880 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC35.62■■■■□ 3.29
CUX1P39880 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.62■■■■□ 3.29
CUX1P39880 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.62■■■■□ 3.29
CUX1P39880 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.62■■■■□ 3.29
CUX1P39880 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC35.62■■■■□ 3.29
CUX1P39880 AL360181.5-201ENST00000368554 1044 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.62■■■■□ 3.29
CUX1P39880 BOLA1-203ENST00000369153 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.62■■■■□ 3.29
CUX1P39880 CXADR-204ENST00000400166 1080 ntTSL 1 (best) BASIC35.62■■■■□ 3.29
CUX1P39880 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC35.62■■■■□ 3.29
CUX1P39880 LTB-210ENST00000429299 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.62■■■■□ 3.29
CUX1P39880 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC35.62■■■■□ 3.29
CUX1P39880 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.62■■■■□ 3.29
CUX1P39880 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.61■■■■□ 3.29
CUX1P39880 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.61■■■■□ 3.29
CUX1P39880 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC35.61■■■■□ 3.29
CUX1P39880 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC35.61■■■■□ 3.29
CUX1P39880 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC35.61■■■■□ 3.29
CUX1P39880 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC35.61■■■■□ 3.29
CUX1P39880 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
CUX1P39880 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
CUX1P39880 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
CUX1P39880 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
CUX1P39880 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
CUX1P39880 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.6■■■■□ 3.29
CUX1P39880 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
CUX1P39880 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.6■■■■□ 3.29
CUX1P39880 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC35.6■■■■□ 3.29
CUX1P39880 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC35.6■■■■□ 3.29
CUX1P39880 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC35.6■■■■□ 3.29
CUX1P39880 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
CUX1P39880 AC010531.6-201ENST00000602282 401 ntTSL 2 BASIC35.6■■■■□ 3.29
CUX1P39880 AL024498.1-202ENST00000606652 480 ntTSL 2 BASIC35.6■■■■□ 3.29
CUX1P39880 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC35.6■■■■□ 3.29
CUX1P39880 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.6■■■■□ 3.29
CUX1P39880 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.59■■■■□ 3.29
CUX1P39880 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.59■■■■□ 3.29
CUX1P39880 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC35.59■■■■□ 3.29
CUX1P39880 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.59■■■■□ 3.29
CUX1P39880 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.59■■■■□ 3.29
CUX1P39880 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC35.59■■■■□ 3.29
CUX1P39880 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC35.59■■■■□ 3.29
CUX1P39880 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC35.59■■■■□ 3.29
CUX1P39880 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC35.58■■■■□ 3.29
CUX1P39880 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.58■■■■□ 3.29
CUX1P39880 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC35.58■■■■□ 3.29
CUX1P39880 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC35.58■■■■□ 3.29
CUX1P39880 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.58■■■■□ 3.29
CUX1P39880 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC35.58■■■■□ 3.29
CUX1P39880 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC35.58■■■■□ 3.29
CUX1P39880 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.57■■■■□ 3.29
CUX1P39880 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.57■■■■□ 3.29
CUX1P39880 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC35.57■■■■□ 3.29
CUX1P39880 RPPH1-201ENST00000516869 333 ntBASIC35.57■■■■□ 3.29
CUX1P39880 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC35.57■■■■□ 3.29
CUX1P39880 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.57■■■■□ 3.28
CUX1P39880 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC35.57■■■■□ 3.28
CUX1P39880 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.57■■■■□ 3.28
CUX1P39880 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC35.57■■■■□ 3.28
CUX1P39880 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC35.56■■■■□ 3.28
CUX1P39880 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC35.56■■■■□ 3.28
CUX1P39880 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC35.56■■■■□ 3.28
CUX1P39880 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC35.56■■■■□ 3.28
CUX1P39880 AC073316.3-201ENST00000437354 982 ntTSL 3 BASIC35.56■■■■□ 3.28
CUX1P39880 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.56■■■■□ 3.28
CUX1P39880 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.55■■■■□ 3.28
CUX1P39880 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.55■■■■□ 3.28
CUX1P39880 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC35.55■■■■□ 3.28
CUX1P39880 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.55■■■■□ 3.28
CUX1P39880 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.55■■■■□ 3.28
CUX1P39880 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC35.55■■■■□ 3.28
CUX1P39880 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC35.55■■■■□ 3.28
CUX1P39880 AC011446.2-202ENST00000592882 756 ntTSL 3 BASIC35.55■■■■□ 3.28
CUX1P39880 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC35.55■■■■□ 3.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39 ms