Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL18A1P39060 AC004771.5-201ENST00000575985 542 ntTSL 4 BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL18A1P39060 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC28.11■■■□□ 2.09
COL18A1P39060 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL18A1P39060 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL18A1P39060 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL18A1P39060 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL18A1P39060 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL18A1P39060 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC28.11■■■□□ 2.09
COL18A1P39060 AC092718.1-201ENST00000501068 1088 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL18A1P39060 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL18A1P39060 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL18A1P39060 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL18A1P39060 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL18A1P39060 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
COL18A1P39060 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
COL18A1P39060 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
COL18A1P39060 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
COL18A1P39060 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
COL18A1P39060 TNFRSF1B-204ENST00000536782 557 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
COL18A1P39060 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
COL18A1P39060 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.1■■■□□ 2.09
COL18A1P39060 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
COL18A1P39060 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
COL18A1P39060 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
COL18A1P39060 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
COL18A1P39060 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
COL18A1P39060 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
COL18A1P39060 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
COL18A1P39060 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
COL18A1P39060 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
COL18A1P39060 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 DUSP15-205ENST00000398084 1256 ntTSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 AC010531.6-201ENST00000602282 401 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 NDUFA8-201ENST00000373768 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC28.05■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 RNASET2-214ENST00000620173 1391 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 MCAT-202ENST00000327555 1134 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 SLC29A4P2-201ENST00000504749 1089 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 RHOC-203ENST00000369632 1026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.04■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 ZDHHC12-202ENST00000372667 1187 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.03■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC28.03■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.1 ms