Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 BCL7B-206ENST00000455335 985 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SCN4AP35499 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 ITGA4-202ENST00000339307 1403 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 BEX3-204ENST00000372645 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 OAF-202ENST00000531220 815 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 TMEM72-203ENST00000544540 1018 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 AC090877.2-202ENST00000560363 574 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 KRT18P35-201ENST00000510488 1269 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 AL390728.5-201ENST00000428687 706 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 YPEL3-207ENST00000566134 761 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
SCN4AP35499 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SCN4AP35499 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SCN4AP35499 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SCN4AP35499 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SCN4AP35499 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.3 ms