Protein–RNA interactions for Protein: P09341

CXCL1, Growth-regulated alpha protein, humanhuman

Predictions only

Length 107 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CXCL1P09341 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CXCL1P09341 RNF38-204ENST00000357058 5254 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CXCL1P09341 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
CXCL1P09341 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CXCL1P09341 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CXCL1P09341 HACE1-202ENST00000369125 3102 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CXCL1P09341 ZNF419-205ENST00000424930 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CXCL1P09341 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CXCL1P09341 NES-201ENST00000368223 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CXCL1P09341 RAB4A-205ENST00000618010 2799 ntTSL 3 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CXCL1P09341 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC16.27■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 BPTF-201ENST00000306378 9688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 HOOK1-201ENST00000371208 5857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 SEMA7A-203ENST00000543145 2304 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 INPP4A-201ENST00000074304 6752 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 MYC-201ENST00000259523 2042 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 PSPC1-201ENST00000338910 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 CD8A-202ENST00000352580 1977 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 EWSR1-208ENST00000414183 2189 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 AGTR1-201ENST00000349243 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 ELOC-209ENST00000602840 2780 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 KCNK6-201ENST00000263372 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 PODN-203ENST00000395871 2744 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 IRGQ-205ENST00000602269 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 CDK17-203ENST00000543119 2442 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 ASCC2-202ENST00000397771 2823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 TULP1-201ENST00000229771 2162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 NGLY1-207ENST00000428257 2534 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 FKRP-202ENST00000391909 2801 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 KCNC3-203ENST00000477616 3176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 RAPH1-201ENST00000308091 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 SLC35F3-201ENST00000366617 2762 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 NETO1-207ENST00000583169 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 KMT5A-201ENST00000330479 3069 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 COBL-202ENST00000395540 2332 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 EVL-202ENST00000402714 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 NRXN2-201ENST00000265459 6621 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 FXR2-201ENST00000250113 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 ZNF211-204ENST00000347302 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 MAP4K4-210ENST00000425019 4403 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 CSK-201ENST00000220003 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 SMAD7-201ENST00000262158 3087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 CCT5-205ENST00000506600 1939 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 UMOD-203ENST00000396138 2399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 SCYL2-201ENST00000360820 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 EIF3B-202ENST00000397011 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 GRM5-202ENST00000305447 4571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 ZNRF1-202ENST00000335325 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CXCL1P09341 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.8 ms