Protein–RNA interactions for Protein: O95476

CTDNEP1, CTD nuclear envelope phosphatase 1, humanhuman

Predictions only

Length 244 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CTDNEP1O95476 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC24.39■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CTDNEP1O95476 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CTDNEP1O95476 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.3 ms