Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 MDFI-202ENST00000373050 809 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 AGTRAP-203ENST00000376629 1100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 AC009052.1-201ENST00000567090 298 ntTSL 3 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 LCN8-201ENST00000371688 867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 NDUFS6-202ENST00000469176 550 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 ITGA4-202ENST00000339307 1403 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 RALGPS1-206ENST00000394011 819 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 PAIP2-208ENST00000511706 468 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 AC133561.5-201ENST00000635547 218 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC28.2■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
CCDC9Q9Y3X0 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 RBCK1-213ENST00000475269 1200 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.2■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 LYPD1-201ENST00000345008 1033 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 TSPY7P-201ENST00000431358 1114 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 TSPY1-202ENST00000451548 1160 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 ST20-202ENST00000485386 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 SELENOS-203ENST00000526049 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 CMTM7-202ENST00000349718 1214 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC9Q9Y3X0 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.7 ms