Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC21.2■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC21.2■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.19■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC21.19■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC21.18■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC21.16■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.1 ms