Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 JADE2-211ENST00000612830 1251 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC18.09■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.2 ms