Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
USP39Q53GS9 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.7 ms