Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
SHHQ15465 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
SHHQ15465 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
SHHQ15465 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
SHHQ15465 C20orf166-AS1-202ENST00000436101 761 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
SHHQ15465 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
SHHQ15465 WDR86-AS1-203ENST00000480632 704 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
SHHQ15465 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
SHHQ15465 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
SHHQ15465 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
SHHQ15465 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
SHHQ15465 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
SHHQ15465 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
SHHQ15465 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
SHHQ15465 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
SHHQ15465 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
SHHQ15465 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
SHHQ15465 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
SHHQ15465 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
SHHQ15465 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SHHQ15465 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
SHHQ15465 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SHHQ15465 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SHHQ15465 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SHHQ15465 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SHHQ15465 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SHHQ15465 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SHHQ15465 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SHHQ15465 HYAL3-203ENST00000415204 959 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SHHQ15465 AL133410.2-201ENST00000425499 696 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SHHQ15465 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SHHQ15465 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SHHQ15465 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SHHQ15465 NPAS1-201ENST00000439365 1341 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SHHQ15465 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SHHQ15465 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SHHQ15465 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SHHQ15465 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SHHQ15465 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SHHQ15465 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SHHQ15465 MLLT10-205ENST00000377100 1136 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SHHQ15465 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SHHQ15465 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SHHQ15465 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SHHQ15465 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SHHQ15465 YPEL3-207ENST00000566134 761 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SHHQ15465 PRKACA-209ENST00000590853 1101 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SHHQ15465 AC097493.4-201ENST00000641197 219 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
SHHQ15465 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SHHQ15465 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SHHQ15465 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SHHQ15465 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
SHHQ15465 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
SHHQ15465 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
SHHQ15465 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SHHQ15465 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
SHHQ15465 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
SHHQ15465 KRT18P35-201ENST00000510488 1269 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
SHHQ15465 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
SHHQ15465 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
SHHQ15465 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
SHHQ15465 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SHHQ15465 AL390728.5-201ENST00000428687 706 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
SHHQ15465 SLC29A4P2-201ENST00000504749 1089 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
SHHQ15465 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
SHHQ15465 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.85■■□□□ 1.25
SHHQ15465 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SHHQ15465 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SHHQ15465 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
SHHQ15465 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
SHHQ15465 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
SHHQ15465 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
SHHQ15465 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
SHHQ15465 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
SHHQ15465 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
SHHQ15465 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
SHHQ15465 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
SHHQ15465 BEX3-204ENST00000372645 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
SHHQ15465 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
SHHQ15465 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
SHHQ15465 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
SHHQ15465 AC090877.2-202ENST00000560363 574 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
SHHQ15465 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
SHHQ15465 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
SHHQ15465 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
SHHQ15465 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
SHHQ15465 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
SHHQ15465 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
SHHQ15465 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
SHHQ15465 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
SHHQ15465 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
SHHQ15465 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
SHHQ15465 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
SHHQ15465 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
SHHQ15465 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
SHHQ15465 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
SHHQ15465 CBLN1-202ENST00000536749 718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
SHHQ15465 NT5C-211ENST00000582170 653 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
SHHQ15465 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
SHHQ15465 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
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