Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 MAML1-201ENST00000292599 5723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 RMND5A-201ENST00000283632 6301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 RASEF-202ENST00000376447 5576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 KCNQ5-207ENST00000403813 6539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 SLC35A3-205ENST00000465289 5696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SF3A1Q15459 FGFR1-238ENST00000532791 5590 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24 ms