Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC28.19■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC28.18■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.18■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC28.18■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC28.17■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC28.17■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC28.16■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC28.16■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.16■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC28.16■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC28.14■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.14■■■□□ 2.1
HOXC9P31274 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC28.13■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC28.13■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC28.13■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC28.13■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC28.12■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC28.11■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
HOXC9P31274 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.8 ms