Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
BRPF3Q9ULD4 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
BRPF3Q9ULD4 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
BRPF3Q9ULD4 AL020996.1-203ENST00000536896 2307 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
BRPF3Q9ULD4 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
BRPF3Q9ULD4 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
BRPF3Q9ULD4 ANKRD16-203ENST00000380094 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
BRPF3Q9ULD4 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
BRPF3Q9ULD4 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
BRPF3Q9ULD4 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
BRPF3Q9ULD4 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
BRPF3Q9ULD4 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
BRPF3Q9ULD4 PTPA-223ENST00000452489 2526 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
BRPF3Q9ULD4 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
BRPF3Q9ULD4 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
BRPF3Q9ULD4 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
BRPF3Q9ULD4 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
BRPF3Q9ULD4 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
BRPF3Q9ULD4 PITX2-201ENST00000306732 2320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
BRPF3Q9ULD4 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
BRPF3Q9ULD4 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
BRPF3Q9ULD4 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
BRPF3Q9ULD4 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
BRPF3Q9ULD4 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
BRPF3Q9ULD4 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
BRPF3Q9ULD4 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
BRPF3Q9ULD4 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
BRPF3Q9ULD4 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC25.53■■□□□ 1.68
BRPF3Q9ULD4 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
BRPF3Q9ULD4 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
BRPF3Q9ULD4 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
BRPF3Q9ULD4 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
BRPF3Q9ULD4 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
BRPF3Q9ULD4 GATAD1-201ENST00000287957 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
BRPF3Q9ULD4 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
BRPF3Q9ULD4 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC25.52■■□□□ 1.68
BRPF3Q9ULD4 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
BRPF3Q9ULD4 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
BRPF3Q9ULD4 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
BRPF3Q9ULD4 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
BRPF3Q9ULD4 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC25.51■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC25.5■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 UBE2Z-201ENST00000360943 3122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 LAYN-203ENST00000436913 2590 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 NOP56-201ENST00000329276 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 AC087289.5-201ENST00000586076 3175 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
BRPF3Q9ULD4 GNS-208ENST00000543646 2164 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.6 ms