Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 SPATA5L1-201ENST00000305560 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 JADE2-204ENST00000402835 2797 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 NEK3-208ENST00000618534 2414 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIMA1Q9UHB6 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 UBR2-203ENST00000372903 2423 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMA1Q9UHB6 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.7 ms