Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 MTHFD1L-201ENST00000367307 1049 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 MMD2-204ENST00000612910 778 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 EIF3J-AS1-205ENST00000560750 1093 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 PMAIP1-201ENST00000269518 1262 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 AC007405.3-201ENST00000429172 561 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 LTB-210ENST00000429299 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.1 ms