Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC21.27■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC21.27■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC21.27■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
DKK3Q9UBP4 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.27■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC21.26■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC21.22■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
DKK3Q9UBP4 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.1 ms