Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
TRERF1Q96PN7 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
TRERF1Q96PN7 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
TRERF1Q96PN7 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
TRERF1Q96PN7 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
TRERF1Q96PN7 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
TRERF1Q96PN7 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
TRERF1Q96PN7 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
TRERF1Q96PN7 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
TRERF1Q96PN7 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.48■■□□□ 1.51
TRERF1Q96PN7 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
TRERF1Q96PN7 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
TRERF1Q96PN7 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
TRERF1Q96PN7 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
TRERF1Q96PN7 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
TRERF1Q96PN7 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
TRERF1Q96PN7 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
TRERF1Q96PN7 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
TRERF1Q96PN7 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TRERF1Q96PN7 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TRERF1Q96PN7 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TRERF1Q96PN7 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
TRERF1Q96PN7 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TRERF1Q96PN7 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
TRERF1Q96PN7 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
TRERF1Q96PN7 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
TRERF1Q96PN7 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
TRERF1Q96PN7 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
TRERF1Q96PN7 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
TRERF1Q96PN7 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
TRERF1Q96PN7 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TRERF1Q96PN7 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRERF1Q96PN7 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRERF1Q96PN7 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRERF1Q96PN7 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRERF1Q96PN7 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRERF1Q96PN7 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRERF1Q96PN7 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRERF1Q96PN7 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRERF1Q96PN7 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRERF1Q96PN7 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRERF1Q96PN7 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRERF1Q96PN7 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRERF1Q96PN7 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRERF1Q96PN7 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRERF1Q96PN7 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
TRERF1Q96PN7 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.2 ms