Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 MTMR12-203ENST00000382142 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
VPS39Q96JC1 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 MAPT-210ENST00000535772 5718 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 KCNMA1-293ENST00000640969 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 AGAP1-205ENST00000409538 6138 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 COL15A1-201ENST00000375001 5496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 PLCL1-201ENST00000428675 5125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 KCNK6-201ENST00000263372 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 NES-201ENST00000368223 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS39Q96JC1 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.4 ms