Protein–RNA interactions for Protein: Q96CF2

CHMP4C, Charged multivesicular body protein 4c, humanhuman

Predictions only

Length 233 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4CQ96CF2 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 ING1-201ENST00000333219 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CHMP4CQ96CF2 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 DLG3-201ENST00000194900 6112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.1 ms