Protein–RNA interactions for Protein: Q95604

HLA-C, HLA class I histocompatibility antigen, Cw-17 alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 372 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-CQ95604 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HLA-CQ95604 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
HLA-CQ95604 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HLA-CQ95604 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HLA-CQ95604 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HLA-CQ95604 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HLA-CQ95604 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HLA-CQ95604 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HLA-CQ95604 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HLA-CQ95604 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HLA-CQ95604 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HLA-CQ95604 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HLA-CQ95604 C20orf166-AS1-202ENST00000436101 761 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HLA-CQ95604 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HLA-CQ95604 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HLA-CQ95604 NT5C-211ENST00000582170 653 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HLA-CQ95604 AC097493.4-201ENST00000641197 219 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
HLA-CQ95604 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HLA-CQ95604 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HLA-CQ95604 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HLA-CQ95604 NPAS1-201ENST00000439365 1341 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HLA-CQ95604 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HLA-CQ95604 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HLA-CQ95604 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HLA-CQ95604 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HLA-CQ95604 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HLA-CQ95604 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HLA-CQ95604 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HLA-CQ95604 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HLA-CQ95604 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HLA-CQ95604 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HLA-CQ95604 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
HLA-CQ95604 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 MLLT10-205ENST00000377100 1136 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 AC090877.2-202ENST00000560363 574 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 ARMC10P1-201ENST00000313754 855 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 SUV39H2-204ENST00000378325 1292 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 AL807752.2-201ENST00000435463 301 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 MRPL2-207ENST00000487429 905 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 AL390728.5-201ENST00000428687 706 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 KRT18P35-201ENST00000510488 1269 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HLA-CQ95604 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.1 ms