Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
TCOF1Q13428 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
TCOF1Q13428 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
TCOF1Q13428 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
TCOF1Q13428 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
TCOF1Q13428 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
TCOF1Q13428 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.13■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.13■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.13■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC32.13■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.13■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC32.12■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC32.12■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC32.12■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.12■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC32.12■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.12■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC32.12■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.12■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC32.11■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC32.11■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.11■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC32.11■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.11■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.11■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.11■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.11■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC32.11■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.11■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.11■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.11■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.1■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC32.1■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC32.1■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC32.1■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC32.1■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.1■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC32.1■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.1■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.1■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC32.1■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.1■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC32.09■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.09■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC32.09■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC32.09■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC32.09■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC32.09■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC32.09■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC32.09■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC32.09■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.09■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC32.08■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC32.08■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC32.08■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC32.08■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.08■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.73
TCOF1Q13428 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC32.07■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.07■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC32.07■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC32.07■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.07■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC32.07■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.06■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC32.06■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC32.06■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC32.06■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC32.05■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC32.05■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC32.05■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC32.05■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC32.05■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC32.04■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC32.04■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC32.04■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC32.04■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC32.04■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC32.04■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC32.04■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC32.04■■■□□ 2.72
TCOF1Q13428 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
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