Protein–RNA interactions for Protein: P43246

MSH2, DNA mismatch repair protein Msh2, humanhuman

Predictions only

Length 934 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH2P43246 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
MSH2P43246 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
MSH2P43246 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
MSH2P43246 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
MSH2P43246 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
MSH2P43246 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
MSH2P43246 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
MSH2P43246 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
MSH2P43246 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
MSH2P43246 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
MSH2P43246 SCYL2-201ENST00000360820 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
MSH2P43246 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
MSH2P43246 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
MSH2P43246 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
MSH2P43246 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
MSH2P43246 KCNMA1-293ENST00000640969 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
MSH2P43246 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
MSH2P43246 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC21.43■■□□□ 1.02
MSH2P43246 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
MSH2P43246 INPP4A-201ENST00000074304 6752 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
MSH2P43246 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
MSH2P43246 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
MSH2P43246 AC009041.2-204ENST00000568394 3343 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
MSH2P43246 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
MSH2P43246 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
MSH2P43246 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
MSH2P43246 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
MSH2P43246 JADE2-204ENST00000402835 2797 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
MSH2P43246 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
MSH2P43246 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
MSH2P43246 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
MSH2P43246 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
MSH2P43246 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
MSH2P43246 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
MSH2P43246 RHOBTB3-201ENST00000379982 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
MSH2P43246 ADAMTS10-205ENST00000595838 2458 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
MSH2P43246 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
MSH2P43246 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
MSH2P43246 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
MSH2P43246 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
MSH2P43246 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
MSH2P43246 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
MSH2P43246 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
MSH2P43246 ARID4B-203ENST00000366603 5946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
MSH2P43246 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
MSH2P43246 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
MSH2P43246 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
MSH2P43246 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
MSH2P43246 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
MSH2P43246 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
MSH2P43246 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
MSH2P43246 PON1-201ENST00000222381 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
MSH2P43246 GFI1-201ENST00000294702 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
MSH2P43246 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
MSH2P43246 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
MSH2P43246 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
MSH2P43246 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
MSH2P43246 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
MSH2P43246 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC21.4■■□□□ 1.02
MSH2P43246 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
MSH2P43246 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
MSH2P43246 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
MSH2P43246 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
MSH2P43246 AGAP1-205ENST00000409538 6138 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
MSH2P43246 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
MSH2P43246 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.02
MSH2P43246 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
MSH2P43246 LZTS3-201ENST00000329152 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
MSH2P43246 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
MSH2P43246 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
MSH2P43246 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
MSH2P43246 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
MSH2P43246 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
MSH2P43246 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
MSH2P43246 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
MSH2P43246 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
MSH2P43246 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
MSH2P43246 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
MSH2P43246 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
MSH2P43246 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
MSH2P43246 INSM1-201ENST00000310227 2829 ntAPPRIS P1 BASIC21.38■■□□□ 1.01
MSH2P43246 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
MSH2P43246 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
MSH2P43246 E4F1-201ENST00000301727 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
MSH2P43246 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
MSH2P43246 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
MSH2P43246 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
MSH2P43246 NES-201ENST00000368223 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
MSH2P43246 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
MSH2P43246 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
MSH2P43246 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
MSH2P43246 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
MSH2P43246 KCNH2-201ENST00000262186 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
MSH2P43246 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
MSH2P43246 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
MSH2P43246 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
MSH2P43246 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
MSH2P43246 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
MSH2P43246 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
MSH2P43246 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.8 ms