Protein–RNA interactions for Protein: P34223

SHP1, UBX domain-containing protein 1, yeast

Predictions only

Length 423 aa.

Protein		RNA				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	UniProt Accession	Gene	Ensembl Transcript ID	Length	Transcript Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
SHP1	P34223	MNT4	YNR059W	1743 nt		3.44	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	APL4	YPR029C	2499 nt		3.44	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	YDL199C	YDL199C	2064 nt		3.43	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	CDC5	YMR001C	2118 nt		3.43	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	PKP2	YGL059W	1476 nt		3.43	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	ARG5,6	YER069W	2592 nt		3.43	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	LRS4	YDR439W	1044 nt		3.43	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	FMP10	YER182W	735 nt		3.43	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	tQ(UUG)B	tQ(UUG)B	72 nt		3.43	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	CTK2	YJL006C	972 nt		3.43	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	YJL032W	YJL032W	315 nt		3.43	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	SWD2	YKL018W	990 nt		3.43	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	ARG80	YMR042W	534 nt		3.43	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	MIC27	YNL100W	705 nt		3.43	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	DIB1	YPR082C	432 nt		3.43	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	SEG1	YMR086W	2883 nt		3.43	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	UBP5	YER144C	2418 nt		3.43	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	WHI3	YNL197C	1986 nt		3.43	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	DNM1	YLL001W	2274 nt		3.42	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	VTC4	YJL012C	2166 nt		3.42	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	DAN4	YJR151C	3486 nt		3.42	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	APM3	YBR288C	1452 nt		3.42	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	SLY41	YOR307C	1362 nt		3.42	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	ARO1	YDR127W	4767 nt		3.42	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	YDL162C	YDL162C	357 nt		3.42	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	GTR2	YGR163W	1026 nt		3.42	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	DOG1	YHR044C	741 nt		3.42	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	SNX4	YJL036W	1272 nt		3.42	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	EMC2	YJR088C	879 nt		3.42	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	SUB1	YMR039C	879 nt		3.42	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	SRL4	YPL033C	846 nt		3.42	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	TPK2	YPL203W	1143 nt		3.42	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	FLO10	YKR102W	3510 nt		3.41	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	YGL140C	YGL140C	3660 nt		3.41	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	YPR022C	YPR022C	3402 nt		3.41	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	RRP42	YDL111C	798 nt		3.41	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	YHR182C-A	YHR182C-A	474 nt		3.41	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	GPX1	YKL026C	504 nt		3.41	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	NDL1	YLR254C	570 nt		3.41	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	YMR087W	YMR087W	855 nt		3.41	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	YBL055C	YBL055C	1257 nt		3.41	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	YNL050C	YNL050C	813 nt		3.41	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	SPR2	YOR214C	711 nt		3.41	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	RFC5	YBR087W	1065 nt		3.41	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	ISM1	YPL040C	3009 nt		3.41	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	ENP2	YGR145W	2124 nt		3.41	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	MET10	YFR030W	3108 nt		3.41	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	YME2	YMR302C	2553 nt		3.41	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	IMH1	YLR309C	2736 nt		3.41	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	NRP1	YDL167C	2160 nt		3.41	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	ATG21	YPL100W	1491 nt		3.41	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	SEC27	YGL137W	2670 nt		3.4	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	GPI1	YGR216C	1830 nt		3.4	□□□□□ -1.86
SHP1	P34223	QRI7	YDL104C	1224 nt		3.4	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	BMH2	YDR099W	822 nt		3.4	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	HMF1	YER057C	390 nt		3.4	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	MIG2	YGL209W	1149 nt		3.4	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	SCM4	YGR049W	564 nt		3.4	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	PEF1	YGR058W	1008 nt		3.4	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	YIR014W	YIR014W	729 nt		3.4	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	TDA8	YAL064C-A	381 nt		3.4	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	YML096W	YML096W	1578 nt		3.4	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	COX14	YML129C	213 nt		3.4	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	TPT1	YOL102C	693 nt		3.4	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	PCI8	YIL071C	1335 nt		3.4	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	PAM1	YDR251W	2493 nt		3.39	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	IMD4	YML056C	1575 nt		3.39	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	TVP15	YDR100W	432 nt		3.39	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	ATC1	YDR184C	885 nt		3.39	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	ECM11	YDR446W	909 nt		3.39	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	YDR464C-A	YDR464C-A	189 nt		3.39	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	STE2	YFL026W	1296 nt		3.39	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	SPT4	YGR063C	309 nt		3.39	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	YHR097C	YHR097C	1101 nt		3.39	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	RGI2	YIL057C	495 nt		3.39	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	YPT6	YLR262C	648 nt		3.39	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	NBP1	YLR457C	960 nt		3.39	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	ERG29	YMR134W	714 nt		3.39	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	SME1	YOR159C	285 nt		3.39	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	snR17a	snR17a	333 nt		3.39	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	YPL135C-A	YPL135C-A	174 nt		3.39	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	PEP7	YDR323C	1548 nt		3.39	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	YJR030C	YJR030C	2238 nt		3.38	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	RPL30	YGL030W	318 nt		3.38	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	TAM41	YGR046W	1158 nt		3.38	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	YHL044W	YHL044W	708 nt		3.38	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	PCD1	YLR151C	1023 nt		3.38	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	COQ9	YLR201C	783 nt		3.38	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	PRE8	YML092C	753 nt		3.38	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	MGE1	YOR232W	687 nt		3.38	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	YHR080C	YHR080C	4038 nt		3.38	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	YPS6	YIR039C	1614 nt		3.37	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	FUN12	YAL035W	3009 nt		3.37	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	UBC5	YDR059C	447 nt		3.37	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	YHR054C	YHR054C	1065 nt		3.37	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	RCN1	YKL159C	636 nt		3.37	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	RIB5	YBR256C	717 nt		3.37	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	VPS38	YLR360W	1320 nt		3.37	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	SUC2	YIL162W	1599 nt		3.37	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	RNT1	YMR239C	1416 nt		3.36	□□□□□ -1.87

Retrieved 100 of 7,029 protein–RNA pairs in 17.6 ms