Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC27.03■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 RHOD-202ENST00000532559 538 ntTSL 3 BASIC27.02■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 FAM167B-201ENST00000373582 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC27.01■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC27■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC27■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC27■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC26.99■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC26.99■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 AC009052.1-201ENST00000567090 298 ntTSL 3 BASIC26.99■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC26.99■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 AC073648.6-201ENST00000641589 218 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 EIF3J-AS1-205ENST00000560750 1093 ntTSL 3 BASIC26.98■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 AP006294.2-201ENST00000641667 209 ntBASIC26.98■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 MTHFD1L-201ENST00000367307 1049 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC26.97■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC26.97■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC26.97■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC26.96■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 AL359736.2-201ENST00000621992 437 ntBASIC26.96■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
COL5A3P25940 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
COL5A3P25940 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
COL5A3P25940 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
COL5A3P25940 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.9
COL5A3P25940 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.9
COL5A3P25940 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
COL5A3P25940 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
COL5A3P25940 FLYWCH2-202ENST00000396958 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
COL5A3P25940 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
COL5A3P25940 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.4 ms