Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDC1P18827 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDC1P18827 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
SDC1P18827 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
SDC1P18827 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDC1P18827 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDC1P18827 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDC1P18827 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SDC1P18827 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SDC1P18827 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
SDC1P18827 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
SDC1P18827 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SDC1P18827 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
SDC1P18827 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
SDC1P18827 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
SDC1P18827 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SDC1P18827 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SDC1P18827 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SDC1P18827 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SDC1P18827 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SDC1P18827 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SDC1P18827 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SDC1P18827 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
SDC1P18827 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
SDC1P18827 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
SDC1P18827 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
SDC1P18827 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
SDC1P18827 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
SDC1P18827 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.14■□□□□ 0.81
SDC1P18827 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SDC1P18827 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC20.14■□□□□ 0.81
SDC1P18827 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SDC1P18827 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SDC1P18827 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SDC1P18827 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SDC1P18827 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
SDC1P18827 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SDC1P18827 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SDC1P18827 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
SDC1P18827 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SDC1P18827 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SDC1P18827 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SDC1P18827 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SDC1P18827 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
SDC1P18827 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SDC1P18827 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SDC1P18827 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SDC1P18827 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SDC1P18827 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SDC1P18827 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
SDC1P18827 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SDC1P18827 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SDC1P18827 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SDC1P18827 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC20.12■□□□□ 0.81
SDC1P18827 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
SDC1P18827 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
SDC1P18827 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SDC1P18827 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC20.12■□□□□ 0.81
SDC1P18827 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
SDC1P18827 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
SDC1P18827 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
SDC1P18827 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
SDC1P18827 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SDC1P18827 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
SDC1P18827 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SDC1P18827 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SDC1P18827 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SDC1P18827 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
SDC1P18827 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
SDC1P18827 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SDC1P18827 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
SDC1P18827 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
SDC1P18827 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SDC1P18827 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
SDC1P18827 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC20.11■□□□□ 0.81
SDC1P18827 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SDC1P18827 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SDC1P18827 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SDC1P18827 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SDC1P18827 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SDC1P18827 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SDC1P18827 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SDC1P18827 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SDC1P18827 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
SDC1P18827 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
SDC1P18827 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SDC1P18827 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SDC1P18827 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SDC1P18827 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SDC1P18827 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SDC1P18827 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SDC1P18827 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SDC1P18827 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SDC1P18827 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SDC1P18827 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SDC1P18827 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SDC1P18827 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
SDC1P18827 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SDC1P18827 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
SDC1P18827 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.8 ms