Protein–RNA interactions for Protein: P13611

VCAN, Versican core protein, humanhuman

Predictions only

Length 3,396 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VCANP13611 KRT18P57-201ENST00000443599 1254 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
VCANP13611 MIR6786-201ENST00000616843 113 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
VCANP13611 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VCANP13611 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VCANP13611 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VCANP13611 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VCANP13611 NTF6B-201ENST00000591913 560 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
VCANP13611 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VCANP13611 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VCANP13611 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VCANP13611 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VCANP13611 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VCANP13611 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
VCANP13611 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VCANP13611 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VCANP13611 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
VCANP13611 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
VCANP13611 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
VCANP13611 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
VCANP13611 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.14
VCANP13611 ABHD14A-201ENST00000273596 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VCANP13611 AC004540.1-203ENST00000421862 907 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VCANP13611 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VCANP13611 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VCANP13611 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VCANP13611 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VCANP13611 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VCANP13611 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
VCANP13611 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VCANP13611 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
VCANP13611 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
VCANP13611 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VCANP13611 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
VCANP13611 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VCANP13611 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VCANP13611 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VCANP13611 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VCANP13611 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VCANP13611 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VCANP13611 CUTA-210ENST00000488034 769 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VCANP13611 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VCANP13611 AL158152.2-201ENST00000602703 235 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VCANP13611 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
VCANP13611 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
VCANP13611 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VCANP13611 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VCANP13611 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VCANP13611 METTL23-204ENST00000586752 904 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VCANP13611 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VCANP13611 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
VCANP13611 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VCANP13611 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VCANP13611 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VCANP13611 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VCANP13611 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VCANP13611 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
VCANP13611 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VCANP13611 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VCANP13611 KRT18P56-201ENST00000507275 550 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
VCANP13611 AP003071.4-201ENST00000562276 1284 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
VCANP13611 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VCANP13611 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC22.12■■□□□ 1.13
VCANP13611 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VCANP13611 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VCANP13611 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
VCANP13611 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VCANP13611 AC115618.1-201ENST00000376775 549 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VCANP13611 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VCANP13611 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VCANP13611 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VCANP13611 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VCANP13611 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VCANP13611 ELOB-202ENST00000409477 997 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
VCANP13611 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
VCANP13611 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
VCANP13611 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
VCANP13611 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VCANP13611 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VCANP13611 BCL7B-206ENST00000455335 985 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VCANP13611 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VCANP13611 AC064807.1-201ENST00000518942 816 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VCANP13611 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VCANP13611 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VCANP13611 PRDX5-201ENST00000265462 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VCANP13611 UNC5B-AS1-201ENST00000447119 647 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VCANP13611 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VCANP13611 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VCANP13611 P4HB-223ENST00000576390 439 ntTSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
VCANP13611 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VCANP13611 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
VCANP13611 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VCANP13611 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VCANP13611 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VCANP13611 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VCANP13611 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VCANP13611 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
VCANP13611 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VCANP13611 NMU-205ENST00000511469 756 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VCANP13611 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
VCANP13611 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.4 ms