Protein–RNA interactions for Protein: O43196

MSH5, MutS protein homolog 5, humanhuman

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH5O43196 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
MSH5O43196 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
MSH5O43196 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
MSH5O43196 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
MSH5O43196 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
MSH5O43196 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
MSH5O43196 CSF2-201ENST00000296871 787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
MSH5O43196 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC28.33■■■□□ 2.13
MSH5O43196 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC28.33■■■□□ 2.13
MSH5O43196 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
MSH5O43196 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
MSH5O43196 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
MSH5O43196 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
MSH5O43196 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
MSH5O43196 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
MSH5O43196 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
MSH5O43196 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
MSH5O43196 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
MSH5O43196 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
MSH5O43196 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
MSH5O43196 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
MSH5O43196 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC28.32■■■□□ 2.12
MSH5O43196 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
MSH5O43196 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
MSH5O43196 FOPNL-207ENST00000575073 530 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
MSH5O43196 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC28.32■■■□□ 2.12
MSH5O43196 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC28.32■■■□□ 2.12
MSH5O43196 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
MSH5O43196 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
MSH5O43196 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
MSH5O43196 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
MSH5O43196 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
MSH5O43196 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
MSH5O43196 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC28.31■■■□□ 2.12
MSH5O43196 MALAT1-217ENST00000620902 352 ntTSL 3 BASIC28.31■■■□□ 2.12
MSH5O43196 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
MSH5O43196 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
MSH5O43196 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
MSH5O43196 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
MSH5O43196 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
MSH5O43196 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
MSH5O43196 OR5D16-201ENST00000378396 987 ntAPPRIS P1 BASIC28.3■■■□□ 2.12
MSH5O43196 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
MSH5O43196 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
MSH5O43196 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
MSH5O43196 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
MSH5O43196 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
MSH5O43196 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
MSH5O43196 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
MSH5O43196 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
MSH5O43196 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
MSH5O43196 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
MSH5O43196 AP002336.2-201ENST00000528607 539 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
MSH5O43196 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
MSH5O43196 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC28.29■■■□□ 2.12
MSH5O43196 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
MSH5O43196 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
MSH5O43196 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC28.29■■■□□ 2.12
MSH5O43196 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
MSH5O43196 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
MSH5O43196 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
MSH5O43196 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
MSH5O43196 MTND2P25-201ENST00000449028 610 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
MSH5O43196 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
MSH5O43196 AC008277.1-203ENST00000594921 1149 ntTSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
MSH5O43196 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
MSH5O43196 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
MSH5O43196 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
MSH5O43196 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
MSH5O43196 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
MSH5O43196 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
MSH5O43196 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
MSH5O43196 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
MSH5O43196 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
MSH5O43196 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
MSH5O43196 NPPC-202ENST00000409852 1051 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.27■■■□□ 2.12
MSH5O43196 LINC00463-201ENST00000413501 1147 ntTSL 3 BASIC28.27■■■□□ 2.12
MSH5O43196 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
MSH5O43196 AL139280.1-201ENST00000436340 463 ntTSL 3 BASIC28.27■■■□□ 2.12
MSH5O43196 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC28.27■■■□□ 2.12
MSH5O43196 ITGB5-AS1-201ENST00000495917 460 ntTSL 3 BASIC28.27■■■□□ 2.12
MSH5O43196 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
MSH5O43196 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
MSH5O43196 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
MSH5O43196 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
MSH5O43196 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
MSH5O43196 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
MSH5O43196 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
MSH5O43196 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
MSH5O43196 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
MSH5O43196 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
MSH5O43196 AC107068.2-201ENST00000634611 447 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
MSH5O43196 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
MSH5O43196 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
MSH5O43196 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC28.26■■■□□ 2.11
MSH5O43196 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
MSH5O43196 FYN-204ENST00000368678 2573 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
MSH5O43196 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
MSH5O43196 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
MSH5O43196 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.8 ms