Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP3Q9Y6I4 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.9 ms