Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 FAM98C-201ENST00000252530 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 AC226101.2-201ENST00000458252 747 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC28.42■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC28.42■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC28.42■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 FAM98C-205ENST00000588262 826 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.41■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 R3HCC1-210ENST00000625275 1489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 AC097641.1-201ENST00000580671 588 ntTSL 4 BASIC28.4■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC28.4■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.4■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 AL049780.2-201ENST00000556236 367 ntTSL 3 BASIC28.39■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC28.39■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
CCDC9Q9Y3X0 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 TRAPPC3-204ENST00000373166 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 AC122129.2-201ENST00000583598 466 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC28.37■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 AC093620.1-201ENST00000342963 583 ntTSL 3 BASIC28.37■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 AC010531.6-201ENST00000602282 401 ntTSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 AC013268.1-201ENST00000639717 1208 ntTSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 C17orf62-230ENST00000583617 866 ntTSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 SFXN1-203ENST00000502393 637 ntTSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 WDR37-206ENST00000620998 1303 ntTSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 ZNF337-AS1-204ENST00000428254 817 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 AC092718.1-201ENST00000501068 1088 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC9Q9Y3X0 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC9Q9Y3X0 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30 ms