Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC20.67■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC20.67■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC20.67■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC20.67■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC20.67■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC20.67■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.66■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC20.66■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.66■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.66■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC20.66■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC20.66■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC20.66■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC20.66■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC20.66■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC20.65■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.9
CCDC3Q9BQI4 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 FGF2-201ENST00000264498 6775 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC3Q9BQI4 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.1 ms