Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP28Q96RU2 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP28Q96RU2 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 99 ms